在南京注册公司，需要准备以下材料：

前期准备材料：

1. 法人（或股东）及监事人的身份证扫描件或正反面拍照。

2. 所有登记人员（包括法人、股东、监事）的身份证扫描件（或正反面拍照）、手机、电子邮箱信息。

3. 产权证明原件及复印件，需送至政务中心验原件并留存一份复印件。

4. 下载并安装好远程政务助手APP。

5. 法人上半身照片电子档。

核名所需信息：

1. 公司名称（准备3-5个）。

2. 注册资金（认缴制，无需验资）。

3. 营业范围。

4. 股东身份证信息。

实名认证所需准备：

1. 确保手机像素不低。

2. 下载并安装远程政务助手APP。

3. 准备所有登记人员的身份证信息及手机号。

设立登记所需资料：

1. 如上所述的产权证明及身份证扫描件等信息。

刻章备案所需材料：

1. 营业执照副本。

2. 法人身份证扫描件或正反面拍照。

3. 法人上半身照片电子档。

注意事项：

1. 以上所需资料中，除产权证明需提供原件外，其他资料均不需提供原件。

2. 因远程信息采集，若身份证照片为多年前拍摄，可能无法通过人脸识别，此时需本人持身份证到政务中心进行现场认证。

3. 法人或监事人员不得在失信名单中。

4. 身份证需在有效期内，且不能消磁。

南京公司注册流程：

第一步：准备5个以上的公司名称，到工商局进行核名。

第二步：到刻章厂制作公章、财务章、法人章、合同章等，并到银行开设验资户并存入投资款。

第三步：整理所需资料，到工商局办理营业执照。

第四步：办理公司组织机构代码证。

第五步：到国税局和地税局办理相关税务登记。

第六步：开设公司基本账户，可选择在开立验资户的银行或其他银行。

第七步：公司会计整理资料，到国地税务分局办理公司备案及报税事宜。

法律依据：

《公司法》中关于有限责任公司和股份有限公司的设立条件及需要准备的材料，可在法律条文中查询。

核名阶段：前往工商局申领一张企业名称预先核准申请表，填写期望的公司名称，由工商局在网上检索是否有重名情况。若无重名，即可获得名称核准通知书。这是公司注册的第一步。

租房事宜：寻找适合的办公地点，签订租赁合同并前往房管局备案。这一步是确保公司有稳定的经营场所。

制定公司章程：由所有股东共同制定并签署公司章程，这是公司运营的基本规则。

刻制私章：前往指定地点刻制公司法人私章，为正方形的章。这也是公司注册过程中的一项必要步骤。

注册公司流程：前往工商局领取公司设立登记的相关表格，填写完毕后连同核名通知、公司章程、租赁合同、房产证复印件等一并提交给工商局。大约15个工作日后可领取营业执照。

后续步骤：凭借营业执照，到公安局指定的刻章公司刻制公章和财务章。这些章在公司运营过程中都会用到。之后还需办理企业组织机构代码证和税务登记。组织代码证需要在技术监督局办理，税务登记则需在领取执照后30天内完成。公司还需在银行开设基本账户，并申请领购发票。如果是销售商品的公司，应在国税申请发票；若是服务性质的公司，则在地税申领发票。

准备材料清单：包括公司设立登记申请书、公司章程、法人股东资格证明或自然人股东身份证及其复印件、董事、监事和经理的任职文件及身份证复印件等。还需要提供指定代表或委托代理人证明、代理人身份证及其复印件以及住所使用证明。住所使用证明材料根据具体情况分为自有房产、租房和租公司名下写字楼三种情况，需按要求准备相关材料。

以上内容参考了公司注册的流程和材料要求，主要来源于公司注册的相关专业知识和经验总结。