一、税制区分

1. 税种差异：个体工商户主要作为个人所得税纳税人，主要应纳个人所得税和增值税；而公司则需缴纳企业所得税、增值税等税种。

2. 税率不同：个体工商户的税率相对较低，如个人所得税最高税率为45%，而增值税则根据不同行业有所差异；相比之下，公司的企业所得税税率相对较高，一般为25%。

3. 申报方式：个体工商户多采用自行填报的方式提交纳税申报表，而公司则可采用电子申报或纸质申报。

4. 纳税期限：个体工商户通常按季度纳税，而公司大多按月纳税。

5. 纳税起点：个体工商户的纳税起点较低，例如个人所得税免征起点为5000元；公司则根据企业实际情况确定纳税起点。

二、个体工商户报税流程

1. 税务登记：个体工商户需前往当地税务部门办理税务登记，领取营业执照和税务登记证。

2. 经营开票：在开展经营活动时，需按规定开具发票，并记录、保存发票信息。

3. 纳税申报：按照国家税收规定，定期向当地税务部门申报纳税，包括增值税、所得税等，具体内容和标准根据个体户的实际情况而定。

4. 缴纳税款：申报纳税后，通过网上银行、移动银行等方式缴纳税款。

5. 会计记录：做好财务会计记录，包括账簿、凭证等，以备税务部门查验。

6. 年度结算：年末，进行年度结算，总结当年经营业绩，做好相关报表和资料备份。

三、税收优惠政策及注意事项

1. 个体工商户在税收上常被视为小型微利企业，享受小型微利企业的增值税税收减免政策。

2. 对于符合特定条件的个体工商户，如残疾、孤老人员和烈属等，可享受个人所得税减免政策。

3. 定期定额征收的个体工商户，税务机关会核定一个月应缴税款额度，不超过该额度的按该额度缴税，超过的按实际额度缴税。

4. 所有个体工商户应严格遵守国家税收法律法规，如实申报纳税，如有疑问可咨询当地税务部门或专业会计师事务所。

四、法律依据及参考资料来源

以上内容依据《中华人民共和国税收征收管理法》等相关法律法规，参考资料来源：中华人民共和国中央人民官网、国家税务总局官网及搜狗百科等。

个体工商户和有限公司在注册公司时存在明显的区别。个体工商户注册相对简单，但经营者需要承担无限责任，即个人财产与企业的债务是相互关联的。一旦企业出现债务问题，经营者的个人财产可能会被用于清偿债务。而有限公司则实行有限责任制度，股东的责任仅限于其认缴的出资额，公司债务不会直接关联到股东的个人财产。

个体工商户和有限公司在税收方面也存在差异。个体工商户通常按照个人所得税的方式缴纳税款，税率根据经营额的不同而有所差异。而有限公司则需要缴纳企业所得税，并根据公司的利润情况确定税率。有限公司还可以享受一些税收优惠政策，如研发费用加计扣除等。

个体工商户通常没有复杂的公司结构，主要由经营者个人负责经营和管理。而有限公司则需要设立董事会、监事会等管理机构，并按照公司章程的规定进行运作。有限公司的股东可以通过选举产生董事会成员，由董事会负责公司的日常经营决策。

个体工商户和有限公司在注册公司时的区别主要体现在注册条件、责任承担、税收待遇以及公司结构上。个体工商户注册简单，但经营者承担无限责任；有限公司注册复杂，但实行有限责任制度，享有更灵活的税收待遇和更规范的公司结构。